TwinBee aynı anda en fazla 2 oyuncu tarafından oynanabilir. Oyuncu, çizgi film benzeri antropomorfik bir uzay gemisinin kontrolünü ele geçirirken, Oyuncu 1, TwinBee’nin, yani aynı adlı geminin kontrolünü ele geçirirken, Oyuncu 2, WinBee’yi kontrol eder. Oyun kontrolleri sekiz yönlü bir joystick ve iki düğmeden oluşur: biri havadaki düşmanları vurmak için, diğeri ise yerdeki düşmanlara bomba atmak için ( Xevious’a benzer ). Oyuncunun birincil güçlendirmeleri, gizlendikleri yüzen bulutlara ateş ederek ortaya çıkarılabilen çanlardır. Oyuncu, çan göründükten sonra ona ateş etmeye devam ederse, çan dört renkten birine dönüşecektir: normal sarı çanlar yalnızca bonus puanlar verir, beyaz çan oyuncunun silahını ikiz topa yükseltir, mavi çan oyuncunun hızını artırır (beş hız seviyesine kadar), yeşil çan oyuncunun ek ateş gücü için gemisinin görüntü kopyalarını oluşturmasını sağlar ve kırmızı çan oyuncunun gemisine daha fazla hasar almasını sağlayan bir bariyer sağlar. Yeşil ve kırmızı çanlar birlikte birleştirilemez. Oyuncunun gemisine üç yönlü bir silah veren alternatif bir çan, ekrandaki tüm düşmanları ortadan kaldıran bir yıldız gibi diğer güçlendirmeler de kara düşmanlarından alınabilir. Aynı türdeki diğer oyunlarda olduğu gibi, tek bir düşman mermisiyle vurulmak oyuncunun bir can kaybetmesine neden olur. Ancak, mermi geminin yalnızca iki tarafına isabet ederse, oyuncunun gemisi yalnızca bir kolunu kaybeder. Oyuncunun gemisi her iki kolunu da kaybederse, bomba atma yeteneğini kaybeder ve oyuncu bir ambulansın gelmesini beklemek zorunda kalır. Oyuncu, kollarını onarmak için gemisini ambulansa doğru yönlendirmelidir. İki oyuncu aynı anda oynuyorsa, daha güçlü saldırılar gerçekleştirmek için gemilerini dikey veya yatay olarak hizalayabilirler.
