Fütüristik 2636 yılında geçen oyunda, önceki taksitlerde yenilmiş olan uzaylı istilacılar, Dünya’da insanlığa karşı tam ölçekli bir savaş başlatmaya karar verirler ve ‘Alien Wars’u başlatırlar. NES ve Game Boy için önceki Contra oyunlarının aksine, Amerikan versiyonu için fütüristik ortam korunmuştur. Ancak, orijinal Contra kahramanları olan ‘Bill’ ve ‘Lance’in kimlikleri, önceki yerelleştirmelerin sürekliliğini koruyarak torunları ‘Jimbo’ ve ‘Sully’ olarak değiştirilmiştir. Contra III: The Alien Wars (SNES versiyonu) Contra III: The Alien Wars (SNES versiyonu) Benzer şekilde, uzaylı istilacı bir kez daha ‘Red Falcon’ olarak değiştirildi.
SNES tarafından sağlanan teknolojiden yararlanan Contra III’teki grafikler, ilk iki oyunun NES versiyonlarını iyileştirerek, onu arcade muadillerinin kalitesine yaklaştırdı. Seviye tasarımı daha karmaşık ve etkileşim için daha fazla fırsat sağlar. Örneğin, oyuncular direklere veya tavanlara tutunabilir ve maymun tarzında hareket edebilir, duvarlara ve merdivenlere tırmanabilir, binaları ve manzaraları yok edebilir ve tankları ele geçirebilir.
Oyunda yeni seviye stilleri arasında motosiklet kovalamacaları, füzelere binme ve iki adet Mode 7 etkinleştirilmiş üstten görünüm seviyesi yer alıyor. Silah sistemi yenilendi ve oyuncular bir yerine iki silah taşıyabiliyor. Ama ölürlerse kullandıkları silahları kaybediyorlar. Ayrıca bu iki silahı aynı anda, düşmanlara her taraftan vuran bir dönüş-zıplama dairesel ateş düzeninde ateşleyebiliyorlar: ancak bunu yaparken vurulmaları durumunda oyuncu her iki silahını da kaybediyor.
Oyuncu ayrıca karakterinin hareket kabiliyetini kilitleyebiliyor ve bu sayede hareket etmeden veya zıplamadan sekiz yöne ateş edebiliyor. Oyunda üç zorluk seviyesi var; Kolay, Normal ve Zor. Zorluk ayarındaki her artış oyunun çeşitli yönlerini de değiştiriyor. Örneğin, daha zor seçildiğinde düşman boss’ları yeni saldırılara veya halihazırda var olan saldırı düzenlerinde değişikliklere sahip oluyor. Ayrıca, füzelerle havada uçmak gibi oyundaki bazı durumlar daha zor hale geliyor çünkü füzeler daha yüksek zorluklarda çok daha hızlı hareket eder.
Ek olarak, daha kolay zorluk seviyelerinde yıkılabilir olan bazı nesneler ve boss zayıf noktaları Normal veya Zor modunda yıkılmaz hale geliyor. Oyuncu oyunu Kolay veya Normal modda tamamlarsa, bir sonraki zorluk seviyesindeki ilk aşamadan, mevcut silah yapılandırması, canları ve puanı bozulmadan başlayabilir. Zor ayarında, son boss, oyuncunun Uzaylı İni’nden kaçarken yenmesi gereken ek bir forma sahip olacaktır. Bu formu yendikten sonra gerçek son gösterilecek, ardından jenerik ve oyuncunun final skoru gösterilecektir.
