Bu oyunda diğer mortal combatlardan ayrı olarak iki yeni oyun modu tanıtıldı: Dayanıklılık maçına ancak iki taraflı da belirli bir turda ve fazla üç insan oyuncu olduğu 2’ye 2 modu (bunlar seride ilk Mortal Kombat’tan beri görülmemişti) ve yeni bir sekiz oyunculu turnuva modu eklendi. Ekstra bir Usta zorluğu mevcut. Shao Kahn’ın Kayıp Hazineleri – bazı ekstra dövüşler ve diğerleri çeşitli ara sahnelere veya diğer oyunlara göre seçilebilir ödüller – ana oyun veya sekiz oyunculu Turnuva tanıtıldıktan sonra tanıtıldı.
Oynanış bağlantısı için bazı karakterlere yeni hareketler verildi ve bazı mevcut hareketler değiştirildi. Bazı karakterlere ekstra kombolar verildi ve bazı kombolar daha az hasar verecek şekilde düzenlendi. Zincir kombolar, bir zıplama yumruğu (dikey veya açılı) veya dikey bir zıplama tekmesi ile başlatılabilir, bu da komboları kullanmak için daha fazla fırsat yaratır. Rakipleri fırlatan kombolar artık çok daha rekabetçi rakip bir üst seviyede göndermiyor; bunu yalnızca normal aparkatlar yapıyor. Oyunda bilgisayar kontrollü rakip yapay zeka iyileştirildi. Ancak, değişikliklerle birlikte üç yeni kusur ortaya çıktı: Bir rakipten uzaklaşırken, oyuncu bir zıplama tekmesi yaparak, Yapay Zeka karakteri her zaman bir mermi fırlatacak; Bu, bilgisayar özelliklerini bazı saldırılara karşı gösterir ve kolayca yıkıcı bir komboya yol açabilir. Oyuncu Yapay zeka karakterinin belirli bir menzili içinde ileri geri yürürse, rakip tüm tur boyunca oyuncunun yürüme hareketlerini taklit edecek ve asla saldırmayacaktır.
